院长：杜祥琬
常务副院长：叶沿林
副院长：刘克新、许甫荣、沈兴海
核科学基础研究中心：主要开展高能物理和核物理基础研究
主任 冒亚军；副主任 华辉
核能研究中心：主要开展核材料、核燃料循环和乏燃料处理处置以及聚变等离子体、聚变诊断技术等方面的研究。
主任 秦宏；副主任 王宇钢、王晓钢、刘春立
核技术研究中心：主要开展加速器技术及应用、辐射探测以及核辐射环境与防护等方面的研究。
主任 刘克新；副主任 樊铁栓；颜学庆
核化学研究中心：主要开展放射化学与辐射化学研究。
主任 沈兴海；副主任 翟茂林
核医学与工程研究中心：主要开展核医学、核药物和放疗物理与技术等方面的研究。
主任 高家红； 副主任 褚泰伟
核政策与法律研究中心：主要开展与核有关的法律、经济、国际政治、环境保护等问题研究。
主任 汪劲；副主任 唐应茂